1640-1643 körül született Esztergomban kisnemesi családból. Egészen fiatal korában már 1657-ben belép a hadseregbe mint végvári katona. Bátorsága és vakmerősége nagyon korán megmutatkozik, egy napon felment az érsekújvári minaretbe és az ott éneklő törököt kihajította a toronyból.. Mire az imádkozó törökök felocsudtak volna Bottyán már a várkapuban volt, az ott őrt álló janicsárokat lelőtte, majd lóra pattant és menekülést színlelve kicsalta a várból az őt üldöző törököket. Mikor már messze voltak a vártól szembefordult velük társaival és nagy részüket megsemmisítette. 

Ilyen és ehhez hasonló hőstettek gyorsan megismertették nevét a tisztekkel,így egyre feljebb araszolt a ranglétrán. 1676-tól Vágsellyén már lovas zászlótartó, 1683-ban az esztergomi csata után főhadnagy, 1684-ben Vác kapitánya. 1685-ben már Esztergom várát védi Ibrahim budai pasától, 1686-ban részt vesz Buda visszafoglalásában. 1687-ben zsámbéki vicekapitány, 1689-ben a szerbia hadjáratban az esztergomi lovasság kapitánya. Ezenkívül volt Cegléd, Nagykőrös, Kecskemét és Szeged katonai parancsnoka is. 

1686 után egy török ellenni csatában elveszíti egyik szemét ekkor ragad rá a Vak Bottyán név, a Rákóczi szabadságharcban már szinte mindenki így hívja. Hősiességére nem csak a tábornokok, de I. Lipót császár is felfigyel. 

1692-ben kinevezik huszárezredessé. 1699-es karlócai békéig szinte minden török ellenes csatában jelen volt. 1701-ben a Rajnához rendelik a franciák ellen, de még ebben az évben gyanúba fogják, hogy kapcsolatot tart II. Rákóczi Ferenccel ezért őrizetbe veszik, hadbíróság elé állítják, ám bizonyítékok hiányában felmentik. Ezek után Bottyán otthagyja a császári sereget és visszatér Esztergomba. 

1703-ban mégis császári megbízásra Nógrád, Hont Bars és Esztergom vármegyében felkelést szervezett Rákóczi ellen, Schilik generálissal a kurucokat kiszorítják a bányavárosokból. Novemberben már Forgách Simon (később kuruc tábornok) császári tábornok seregében harcol. Zolyom vár alatt szokás szerint lovával a kuruc sereg lé ugrat és párviadalra hívja ki a kuruc sereg legjobbját. A kihívást Ocskay László ezredeskapitány elfogadja, Bottyán ekkor már elmúlt hatvan éves, Ocskay pedig csak huszonhárom volt. A népi legenda úgy tudja, hogy először kopjával próbálkoztak, de egyik sem tudta a másikat legyőzni, majd kardot rántottak, de így sem sikerült egymást legyőzni, majd pisztoly párbaj következett ahol mindketten megsebesültek. Végül Bottyán bezárkózott Zólyom várába, a kurucok körülvették a várat, szabad elvonulás fejében Bottyán a várat feladta, így a kurucok győzelmével végződött a csata. Seblázzal viszik haza Esztergomba Bottyánt ahol Zólyom várának feladása miatt a császáriak 1704-ben letartóztatták és Bécsbe indították haditörvényszék elé, azonban Komáromnál felesége és hívei kimentik. 

Ezután már nyíltan Rákóczi mellé áll, 1704. október 10-én felajánlott neki kardját. II. Rákóczi Ferenc Bottyánt tábornokká nevezik ki és rábízza Érsekújvár elfoglalását, amit néhány nap leforgása alatt el is ér. Érsekújvár lett a kuruc sereg Északnyugat-magyarországi és Dunántúli hadműveleteinek bázisa. 

1705 tavaszán és nyarán már az Alföldön teljesít szolgálatot, Kecskemét környékén portyázik. Rákóczi dunántúli hadjárataiban mint alvezér vívja a harcot sajnos a második hadjárat is sikertelen volt. Ezek után már újra az Alföldön portyázik és nyugtalanítja Herbeville Erdély felé nyomuló seregét, amikor világossá válik, hogy nem tudja megállítani a fejedelem visszarendeli őt Dunántúlra egy harmadik hadjáratra, ekkor már mint főparancsnok teljes szabadkezet kap a hadművelet lebonyolításában. Rákóczi döntése kiválónak bizonyul, a császári csapatok próbálják megállítani Bottyánt mindhiába. Bottyán Dunántúl felszabadítása után Ausztriát Bécsig feldúlja. 1707 elején a császáriak ismét támadásnak indul egyszerre négy irányból is próbálkoznak, de Bottyán portyázó taktikájával nem bírnak. 

1707-től Bottyán már az érsekújvári vár főkapitánya. Az 1708-as szerencsétlen trencséni csatában ugyan nem vesz részt viszont a csata után neki köszönhető, hogy nem következett be a végső összeomlás. 1709-ben Nógrád és Hont vármegyét védi egészen az 1709. szeptember 27-én bekövetkezett haláláig, amit agyhártyagyulladás okozott. 

A Rákóczi így emlékezik meg róla:

"Szegény Bottyán vak sógor tegnap nyolc óra tájban lehunyta az másik szemét is"

Bottyán János a Rákóczi-szabadságharc egyik legkiemelkedőbb alakja volt, aki szinte minden csatáját megnyerte.

                                                                                                                                            Bottyán kézjegye

Felhasznált irodalom:

Pálinkás Mihály: Múltunk nagyjai

II. Rákóczi Ferenc emlékiratai

R. Várkonyi Ágnes: A kuruckor hősei