Zalavártól nyugatra a Zala folyó mocsaras területéből kiemelkedő dombon állt a vár. A IV. században Valcum erőd kiépítése után Keszthely környéke sűrűn lakott hellyé vált. Ekkor épült Zalavár területén egy mocsárba vert cölöpökön nyugvó, mocsárral körbe zárt castrum. A népvándorlás idején több nép is elfoglalta, volt a keleti gótok, longobárdok, hunok, frankok birtokában is.

840 körül frank kapcsolatai miatt földjéről elűzték Priwina nyitrai szláv fejedelmet, aki a Német Lajos keleti frank uralkodótól előbb hűbérbe, majd örök adományba kapta az akkor többségében szlovének lakta Nyugat-Dunántúlt (Alsó-Pannóniát). A Zala folyó környékén, a Balaton közelében jött létre központja Mosapurc (Mocsárvár) néven, ami a mai Zalavár helyén állt. Ásatások során feltárták a település templomait, temetőit, lakó-, gazdasági- és védelmi célokat szolgáló épületeit. A sziget déli harmadában, a ma erdővel borított területen állt Priwina egykori udvarháza. Az árokkal és földsánccal védett erődítményben magántemplomot építettek, amelyet 850-ben Szűz Mária tiszteletére szenteltek fel. A térség pogány lakosságát az udvarházon kívül keresztelték meg, a Vársziget nyugati részén az 840-es évek elején fából épített Keresztelő Szent János templomban. 855 és 860 között építették a Hadrianus templomot, ahol a mártír Hadrianus (Szent Adorján) romlatlan testét őrizték, és egyben a grófság legtekintélyesebb keresztény szentélyének is számított. A grófságban számos templomot építettek és szenteltek fel.

Priwina egyik feladata a kereszténység terjesztése volt a szlávok körében, akik még a VI. században települtek le a vidékre a Kárpát-medencei Avar Birodalom alattvalóiként. Ebben segítségére volt a Bulgáriából származó Metód és Cirill papok. Előbbit II. Adorján pápa Priwina fia, Kocelj kérésére a terület érsekévé nevezte ki. Priwina néhány évtized alatt felvirágoztatta az őrgrófságot. Maga a salzburgi érsek is örömmel múlatta idejét, sőt Liupram érsek gyakran a karácsonyt és a szilvesztert is a Várszigeten ünnepelte.

861-ben Priwina katonái élén részt vett a morva Rasztiszláv ellen vívott csatában, ahol maga is életét vesztette. Kocelj uralkodása idején a grófságban további templomok épültek, 870-ben számuk 33 volt. Kocelj 876-os halála után ismét a frankok kezére jutott. Egy 885-ös összeírás szerint a salzburgi érsek tulajdonában állt a palánkvár, de továbbra is a szlávok egyik kulturális központja maradt.

A magyarok 900 körül megszállták Pannóniát és elfoglalták a várost. Zalavár nevet adták neki, és egyik fontos központjukká alakították. Az őslakosság a környéken keresett megélhetést, így a X. században a magyar és szláv lakosság keveredéséből egy önálló kultúra jött létre ezen a területen. A X. században a várat Kál horka és fia Bulcsú birtokolta.

I. (Szent) István király vármegyerendszerében Zalavár a sűrűn lakott Zala vármegye központja lett. Zalavár az ezredforduló körül Bátor Boleszló fia, Beszprim herceg birtoka volt, aki 1019-ig új bazilikát építtetett. I. (Szent) István király monostort alapított itt. Zalavár ispánsági székhely rangjáról az első forrás 1137-ből való. A vár első említése 1164-ben történik, majd 1222-ben esik szó még róla mint királyi birtokról. A I. (Nagy) Lajos király halálát követő zavaros időkben, 1342 és 1382 között Bajkai Péter foglalta el a várat. Az 1420-ban megerősített vár 1443-ban a Rozgonyiak tulajdonába került. 1444-től Marczali Miklós vajda fiai Imre és János, valamint Marczali Dénes fiai István és György, 1472-től a zalavári apátság birtoka volt. Közben a település jelentősége folyamatosan nőtt, 1424-ben országos, 1474-ben hetivásár jogot kapott a királytól, és így a jelentősebb helyek közé tartozott.

1518-ban Kaponyay Miklós kezén volt, aki ekkor Szenterzsébeti Terjék Lászlónak és fiának adta zálogba. Ezután többször cserélt gazát a magánbirtokosok és a királyi kamara között.A török 1532-es első támadása után a lakosok száma lecsökkent, a város korábbi jelentőségét elvesztette. 1553-ban készült leltár szerint a várban mindössze 2 tarack és 50 szakállas puska volt. 1565-től a vár mint királyi végvár működött, Nagykanizsa 1600-as eleste után jelentősége nagyban fokozódott, közben azonban a település és a kolostor többször teljesen lakatlanná vált.

Zalavár rossz állapota miatt az 1601. évi országgyűlés a vár megerősítését, az 1604. évi országgyűlés pedig Zala megye ingyen munkáját rendelte el. Ennek ellenére az 1625. évi XX. tc. megállapítja, hogy annyira elhanyagolt vár, mint Zalavár, nincs az országban. Zalavár erősítése pénzhiány miatt csak vontatottan haladt, és 1641-ben Svatics várkapitány is csak az árkokat tisztíttatta ki. 1676-ban Chermei Mihály a külső és belső kapukat csináltatta meg. 1685-ben Radonay zalavári apát a Zala vizét vezettette be a belső árokba. Kanizsa visszafoglalása (1690) után Zalavár védelmi funkciói megszűntek. 1700-ban már senki sem lakott a várban. I. Lipót király parancsára 1702-ben Schenckendorf Kristóf császári ezredes a várat felrobbantotta.

A zalavári bencések székhelyüket Zalaapátiba tették át, ahol építkezéseikhez a vár megmaradt anyagát is felhasználták. A XIX. század közepén a vár alapfalainak egy része még látható volt, ma már a felszínen maradvány nem található.

Zalavár alaprajzát Giulio Turco 1569. évi felméréséből ismerjük, amely szerint a víztől körülvett szigeten épült téglalap alaprajzú belső vár 22 méter hosszú és 18 méter széles volt. Turco rajza a mocsaras, árokszerű területen túl még 9 rondellával ellátott palánkfalat is feltüntet. A belső vár kb. 3 méter széles kapujától a külső palánksorig kétnyílású kb. 15-20 méter hosszú híd vezetett. A palánkon egy szilárd kőépítményű, kapuszerű nyíláson és egy rövidebb hídon lehetett száraz területre jutni. A keletre néző vártemplom északi falát 6 támpillér erősítette. A templom nyugati végén a vár legerősebb építménye, egy vastag falú torony állt. A vár udvarát három oldalról különböző rendeltetésű épületek vették körül, míg a déli oldalát csak a várfal védte. A rajzról nem lehet megállapítani, hogy az épületek földszintesek vagy emeletesek voltak-e. Az északról hozzá csatlakozó palánkkal kerített külső várat két részre osztó palánksor, feltehetően a belső várba vezető híd és a belső vár kapujának védelmére épült.